L'art de prescrire, qui utilise depuis toujours des substances végétales, a contribué au rayonnement d'une ville médiévale, vouée notamment au commerce des épices et des médicaments. Les XVI et XVIIèmes furent les siècles d'or de la botanique montpelliéraine.
Un enseignement spécialisé et un hortulus destinés aux futurs médecins et pharmaciens apparurent avec Rondelet, un praticien, naturaliste savant et novateur. Sous Henri IV fut créé un Jardin royal et universitaire dont demeure sa montagne artificielle, monument témoin de l'histoire de la Science de l'époque. L'institution servit de modèle à plusieurs jardins botaniques à venir, dont celui de Paris et d'autres en Europe. Au siècle suivant, Montpellier fut encore une capitale de la botanique avec Magnol, un médecin botaniste érudit et précurseur des classifications naturelles.
Par la suite, si la botanique ne fut plus une discipline purement médicale, le Jardin ne démérita pas entre les mains de médecins naturalistes. A partir de 1707, une école systématique succéda à celle de démonstration. Elle est justement admirée et ornée d'une belle orangerie de 1804.
Le Jardin des Plantes est fidèle à sa vocation d'enseignement, de recherche et de conservation, qui le lie à plusieurs centaines de jardins botaniques dans toutes les régions tempérées du globe. L'université l'ouvre au public qui apprécie son aspect paysager, le raomantisme du site et les manifestations culturelles.